Kaupungin keskustassa sijaitseva yli satavuotinen kaunis Joensuun kirkko on yksi kaupungin näkyvimmistä maamerkeistä. Punatiilinen kirkko edustaa tyyliltään jugend-vaikutteista uusgotiikkaa.
Joensuussa Niinivaaran korkeimmalla paikalla sijaitseva Pielisensuun kirkko on ulkomuodoltaan korkea ja suorakaiteinen. Sen kolmiomaisen harjakaton huipulla komeilee pieni kahden kellon kellotapuli.
Rantakylän seurakunnan moderni kirkko ja seurakuntakeskus sijaitsee Pielisjoen läheisyydessä Rantakylän kadulla. Kirkon edustalla komeilee valkoinen kellotapuli.
Utran erikoinen kirkko on yksi kolmesta Suomen pystyhirsikirkosta ja se kuuluu Joensuun I luokan suojeltaviin rakennuksiin. Kirkko rakennettiin sahateollisuusyhdyskunnan kirkoksi v. 1895.